Les travaux de recherche que je réalise ou coordonne ont pour objectif de mieux comprendre les mécanismes moléculaires conduisant à la formation d’un ovocyte fécondable et capable de permettre le bon développement de l’embryon. Je porte un intérêt particulier aux gènes à « effets maternel » (c’est-à-dire exprimés chez la mère mais nécessaire au bon développement de l’embryon), aux mécanismes conduisant à la formation du micropyle ainsi qu’au rôle des ARN non codants pour des protéines et particulièrement les microARN. Ces travaux sont réalisés principalement chez des espèces modèles (zebrafish, médaka) et ont recours aux techniques d’édition du génome et d’analyse transcriptomique à haut débit.
Dans le cadre de collaborations internationales, je m’intéresse également à l’évolution des gènes (codants ou non-codants) et de leur expression après duplication complète du génome.

Principaux sujets de recherche

• Régulation de la reproduction des poissons par les microARN
• Effets maternels non génétiques régulant le comportement
• Evolution des gènes à microARN chez les poissons
• Poisson modèle et maladies humaines

Titres universitaires et diplômes

• Habilitation à diriger les Recherches (HDR) – Université de Rennes 1 (2009)
• Doctorat - Université de Rennes 1 (2001)
• Ingénieur Bordeaux Science Agro (1996)

Expérience professionnelle

• Depuis 2016 - Directeur du laboratoire de Physiologie et génomique des poissons INRAE UR1037 (Rennes, France) et Directeur de recherche en Génomique fonctionnelle et évolution chez les poissons
• 2009-2015 - Responsable de l'équipe "Différenciation sexuelle et ovogenèse" et chercheur en Biologie de la reproduction chez les poissons
• 2001-2008 - Chercheur en Biologie de la reproduction chez les poissons
• 1998-2000 - Doctorant, University of Notre Dame, Indiana (USA) sous la responsabilité du Pr FW Goetz

Coordination de projets de recherche

• Coordinateur (ANR MicroHippo – AAPG2021) Hippo pathway-mediated regulation of micropyle formation by microRNA 202 (miR-202) in the fish oocyte. 2022-2025
• Coordinateur (FEAMP PhenomiR – Non-invasive phenotyping using circulating miRNAs in rainbow trout) 2018-2020
• Coordinateur (ANR EggPreserve ANR-16-CE20-0001- Proteomic identification of ovarian fluid components able to extend fish egg viability) 2016-2020
• Coordinateur (ANR Blanc SVSE7 Maternal Legacy – Molecular portrait of a developmentally competent fish egg) 2014-2017
• Coordinateur (ANR GENOM-BTV PhyloFish - RNASeq-based phylogenomic analysis of gene duplications in teleost fish) 2011-2014
• Work package leader (COST AQUAGAMETE - Assessing and improving the quality of aquatic animal gametes) 2012-2016
• Coordinateur (Marie Curie FP7-PEOPLE-2013-IEF – Proteomic Profiling and Knock-out Analysis of Key Components of the Zebrafish Egg 2014-2016
• Coordinateur (ANR GENOM-BTV OSCILE – Oocyte-somatic cells interactions, lessons from evolution) 2008-2012

Participation à des projets de recherche

• ANR (AAPG2021) CAVEMOM : Maternal control of phenotypic evolution. (2022-2025).
• COST EELSUPPORT : Solving bottlenecks in eel reproduction to support sustainable aquaculture (2023-2027)
• EU H2020 : AQUA-FAANG (Advancing European Aquaculture by Genome Functional Annotation) 2019-2023.
• FEAMP miSS : microARN, Sex & Stress (2020-2022)
• FEAMP NutriEgg: New feeding strategies to optimize rainbow trout egg production (2017-2019).
• Norwegian Science Foundation InnControl : Innate Control of Early Embryonic Development (2018-2023).
• ANR (AAPG2019) DynaMO : Molecular basis of fish fecundity.
• ANR (AAPG2016) GENOFISH : Evolution of genes and genomes after whole genome duplication.
• Work package leader COST AQUAGAMETE: Assessing and improving the quality of aquatic animal gametes (2012-2016).
• ANR (GENOM-BTV) GENOTROUT : rainbow trout genome sequencing (2008-2012).
• EU FP7 LIFECYCLE : Building a biological knowledge-base on fish lifecycles for competitive, sustainable European aquaculture (2009-2013)

Collaborations actives

• Hervé Seitz, CNRS, Montpellier, France (regulation of gene expression by miRNAs)
• John Postlethwait & Thomas Desvignes, University of Oregon, USA (genome evolution and miRNA gene evolution)
• Denis Jabaudon, University of Geneve (neurodevelopmental plasticity under maternal influence)
• Sylvie Jaillard, Rennes University Hospital (fish models of premature ovarian insufficiency)
• Daniel Zarski, Polish Academy of Sciences, Poland (non-genetic maternal factors in aquaculture)
• Martin Psenicka, Université of South Bohemia, Czech Republic (gamete biology)
• Daniel Macqueen, Roslin Institute, Edinburg, Scotland (functional annotation of fish genomes)
• Igor Babiak, Nord University, Norway (early development and RNA modifications)
• Henrik Nielsen, University of Copenhagen, Denmark (SNORDs)

Enseignement
M2 BAPSA, Université de Rennes 1 – Ovogenèse et qualité des oeufs de poissons

Publications

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